用ReLERNN计算全基因组重组率景观

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ReLERNN软件的安装流程和使用记录。

ReLERNN是一个通过神经网络机器学习来计算全基因组局部重组率的软件，美中不足的是安装起来依赖环境太多且配置很麻烦，而且实际使用起来不能自定义滑动窗口大小，只能用软件内机器学习得出的最佳窗口大小（不知道后面会不会更新自定义窗口大小的功能）。

安装流程记录

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git clone https://github.com/kr-colab/ReLERNN.git
cd ReLERNN/
pip install
#ERROR: You must give at least one requirement to install (see "pip help install")
pip install .

后续补充安装的一些包

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pip install h5py
pip install tensorflow

使用方法

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#step 1: simulation

ReLERNN_SIMULATE -v file.vcf \
-g file.bed \
-d /path/to/output/ \
-t 1 --phased


#step 2: training neural network

ReLERNN_TRAIN -d /path/to/output/ \
--gpuID 2


#step 3: predicting recombination rate for single population

ReLERNN_PREDICT -v file.vcf \
-d /path/to/output/ \
--phased 


#step 4 (optional): generating 95% confidence intervals and correcting bias
#这一步我一般不做，可能以后做非常精细的分析会用到？

#ReLERNN_BSCORRECT -d /path/to/output/ \
#-t 1

ReLERNN官网：https://github.com/kr-colab/ReLERNN
原始文献：https://doi.org/10.1093/molbev/msaa038